婴幼儿属于免疫力较弱的群体，可是使用化学药物又会给这些敏感的宝宝带来伤害。同时婴幼儿又是一个很麻烦的群体，不能较准确地表达各种不适，经常表现出全身性不适。这样益生菌独特的以菌制菌的天然生态疗法对婴儿来说显得必需而且十分重要。如今婴幼儿食品中添加益生菌及益生元已成为一种潮流。
婴幼儿需要补充益生菌的理由大致分为两个方面：一是改善免疫力，预防多种疾病；二是促进消化，让宝宝健康快乐地长大。
改善免疫力，预防多种疾病
许多宝宝从健康母体刚出生时是清洁的。在出生后的几天后，宝宝的胃肠道中就会定植细菌。随着肠道内、皮肤上正常细菌的寄存，人体的免疫系统就开始启动、发育，直到基本成熟。婴儿的肠胃系统占到了免疫系统的三分之二，所以胃肠道中正常菌群的的建立就显得至关重要。如果菌群建立过迟或不良，就会出现相应的疾病。
益生菌可为宝宝肠道迅速建立和保持正常菌群。益生菌两大家族包括乳杆菌属和双歧杆菌属。其中乳杆菌对婴儿的作用与成人基本相似。而双歧杆菌对婴幼儿有着重要的意义。因为在人乳中发现了双歧因子。母乳中的双歧因子是由含N一己酰葡萄糖糖胺的多糖组成。目前除人乳外没有其它哺乳动物的乳汁能促进双歧杆菌的生长。双歧杆菌包括婴儿双歧杆菌，两歧双歧杆菌，长双歧杆菌和短双歧杆菌，在婴儿大肠中是优势菌。它们是特定的种，与在成人肠道中的双歧杆菌不尽相同。这些菌属于厌氧菌，不需要氧气生活。它们发酵碳水化合物产生醋酸和乳酸，以及少量的甲酸。就如它的名字一样，婴儿双歧杆菌是婴儿身体胃肠道内天然“居住者”。
宝宝肚中常见的益生菌能够抵抗致病菌从宝宝肠道上入侵并定植。因为它们是夺取营养素的强者且紧紧地黏附于肠道壁。当肠道中“居住”足量的婴儿菌时，有害菌就没有地方“定居”。益生菌产生的醋酸和乳酸增加了肠道的酸度，进一步阻止了不良菌的生长。这些友善细菌还有助于氮素的保留，保证宝宝正常的体重。婴儿的双歧杆菌能阻止硝酸盐转化为潜在致癌物亚硝酸盐，当然，它们还能产生重要的B族维生素及抵御病菌的免疫球蛋白A。
研究表明超过20%的婴儿可能会受到过敏性症状的侵袭，多达25％的新生儿和幼儿受到激烈的，过度的绞痛影响。美国每年有超过1000位小于12月的婴儿在经受腹泻后死亡。最近国内一项调查显示，在未满周岁的婴儿中间，上呼吸道感染的发病率竟高达79%。益生菌通过代谢可产生短链脂肪酸。该脂肪酸为肠道细胞提供能量，用以强化粘液层。这个粘液层是阻挡病原体和过敏原的屏障。益生菌对绞痛研究的结果公布在2007年1月发行的儿科杂志上，婴儿由于益生菌的影响减少哭泣时间显著，95％的婴儿减少了百分之五十或以上哭泣时间。
