反刍动物消化微生物区系的研究主要集中在瘤胃或动物粪便中的细菌多样性，但对反刍动物消化微生物的多样性和功能知之甚少。本文对2只山羊和2头骆驼的远端肠道细菌微生物区系进行了宏基因组学研究。细菌分类多样性与CAR 对每只动物的小肠、大肠和直肠采集的样品进行了水合物活性酶谱的测定。小室内细菌的多样性和丰度，直肠和大肠样品中的碱含量低于直肠和大肠样品。在每个位点分析糖-活性酶谱显示了相对低丰度的针对木聚糖和C的酶。所有动物中的纤维素都检查过，类似于早先针对绵羊的报道，因此表明植物细胞壁的消化很可能发生在其他地方，如在瘤胃中。
由于DNA产率可根据细胞裂解、提取和纯化的不同方案而变化，我们使用了完全相同的提取方案。对于所有样品，在测序前控制DNA质量。将这三个子位点的山羊和骆驼的分类分布与从绵羊获得的分类图谱进行比较。之前进行了分析与动物类型、beta和alpha无关多样性分析确认了两组子位点之间的明显区别：(i)小分子 司汀，其特征在于丰度和多样性低，以及(ii)大肠和直肠，其特征在于主要属于FIRMICUT的高多样性和丰富的细菌。ES（主要是梭状芽孢杆菌）和芽孢杆菌（主要是细菌目）（图2）。除了Great外，观察到大肠和直肠的分类分布之间没有显著差异。细菌在后一个亚位点的丰度。其他动物的小肠微生物丰度和多样性低于结肠亚位点的类似观察也有报道。
表1每种动物不同亚位点提取DNA的浓度
图1.山羊、骆驼(本工作)和绵羊远端消化道三个亚位点分类多样性的比较分析。
个体动物表示 d：骆驼A(成年骆驼)、骆驼Y(幼骆驼)、山羊B(山羊Beshi)、山羊H(山羊Harei)、绵羊Najdi(羊Najdi)、绵羊Noaimi(绵羊Noaimi)和绵羊Ha(绵羊Harrei)。对所有动物来说，体位分别用R、S和L表示，分别对应于直肠、小肠和大肠。顶部，每个样本的门层级丰度；底部，聚集ph。三个分析研究中心的YLUM丰度分析。
