蛋白质是骆驼乳的重要营养物质，是骆驼乳中主要的含氮化合物，在骆驼乳中的含量为3.55%－4.47%，主要包括酪蛋白和乳清蛋白；骆驼乳乳清蛋白中还含有大量的溶菌酶、乳铁蛋白、乳过氧化物酶和免疫球蛋白等各种保护性蛋白质，因此具有很高的生物学价值。
骆驼乳蛋白的消化吸收率一般为97%-98%,属完全蛋白。骆驼乳中含有人体必需的18种氨基酸，比例适当，且氨基酸的含量较高。蛋白质能为机体提供营养，执行保护功能，控制代谢过程，输送氧气，防御病毒的侵袭，传递遗传信息。
